Le WWF Fribourg est dirigé par un comité bénévole élu par l'assemblée générale. Il se réunit tous les deux mois pour organiser les activités de la section et définir les grandes lignes du programme. Echanges d'information et d'idées, discussions, décisions importantes et préparation d'événements font l'essentiel de ces séances.

Une fois par année, les membres de la section cantonale sont convoqués à l'assemblée générale, instance suprême de l'association. C'est l'occasion pour présenter les activités de l'année écoulée et en cours, élire les membres du comité et avaliser les comptes.